Maladies rares

Panels de mutations pour maladies rares et analyse du séquençage de l'exome complet (WES)

Les maladies rares, selon la définition en Europe et dans les autres pays développés, sont des maladies qui touchent 1 personne sur 2 000 ou moins, dont la plupart sont progressives, métaboliques, chroniques et certaines peuvent être mortelles.

  • Environ 8 000 maladies rares ont été identifiées et 80 % d'entre elles sont génétiques.
  • Environ 50 % des patients sont des enfants.
  • 30 % des enfants atteints de maladies rares ne voient pas leur 5ᵉ anniversaire. La raison principale : 95 % des maladies rares n'ont pas de traitement.
  • Les maladies rares touchent 1 personne sur 16 en Turquie ; 5 millions en Turquie et environ 350 millions dans le monde vivent avec une maladie rare.
  • Chaque maladie a ses propres caractéristiques, nécessitant des soins et traitements spécifiques, des médicaments, du matériel, une alimentation spéciale et des dispositifs médicaux.
  • Bien que les maladies soient rares, les conséquences sont très lourdes tant pour le patient que pour sa famille et la société.

Panel de mutations de neurofibromatose

La neurofibromatose (NF) est un groupe de maladies génétiques provoquant la croissance de tumeurs le long de différents nerfs et affectant également le développement de tissus non nerveux comme les os et la peau.

NF1 NF2

Panel de mutations du gène dystrophine

La dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) est la maladie musculaire la plus fréquente. Elle touche 1 garçon sur 3 500 car elle est causée par des délétions du gène de la dystrophine sur le chromosome X.

DMD

Panel de mutations de mucoviscidose

La mucoviscidose (CF) est examinée par séquençage du gène entier.

CFTR

Panel de sclérose tubéreuse

Cette maladie provoque le plus souvent des taches (hamartomes/types de tumeurs bénignes) dans tous les organes, notamment la peau, le cerveau et les reins.

TSC1 TSC2

Panel de mutations des maladies de surcharge lysosomale

Les maladies lysosomales sont un groupe de maladies héréditaires touchant des dizaines de milliers de personnes dans le monde. Un enfant atteint d'une maladie lysosomale naît toutes les demi-heures.

GALC NAGA MANBA SMPD1 GLB1 GBA2 GBA HEXB HEXA GNPTAB GUSB ARSA ARSB FUCA1 MAN2B1

Panel de mutations du syndrome de Noonan

Le syndrome de Noonan (NS) est une maladie génétique multisystémique autosomique dominante avec une prévalence d'environ 1/2500. Environ 50 % des cas sont dus à des mutations du gène PTPN11.

A2ML1 PTPN11 BRAF CBL HRAS KRAS NRAS MAP2K1 MAP2K2 RAF1 RIT1 SHOC2 SOS1 SPRED1

Panel de mutations des maladies de surcharge glycogénique

Le type 1 GSD est cliniquement le plus grave. Les patients se présentent pendant la petite enfance avec hypoglycémie, acidose, retard de croissance et hépatomégalie.

PHKG2 PHKA2 GYS2 G6PC SLC37A4 AGL GBE1 PYGM GYS1 GAA PRKAG2 PYGL GYG1 PGM1 PHKA1 PHKB PGAM2 PFKM ENO3 ALDOA LAMP2

Panel de mutations de cardiomyopathie hypertrophique

La cardiomyopathie hypertrophique est une maladie héréditaire (autosomique dominante) avec un large éventail de symptômes. Le risque de mort subite étant plus élevé dans l'enfance, le diagnostic précoce est très important.

ACTA2 ACTC1 ACTN2 CALR3 CAV1 CAV3 PRKAG2 SLC2A11 SLC52A2 SLC6A2 SLC12A3 SLC19A2 SLC25A4 SLC22A5 SLC25A20 SLC2A10 TNNC1 TNNI3 TNNT2

Panel LQT

Le syndrome du QT long est une maladie rare caractérisée par un trouble de la repolarisation myocardique sans anomalie cardiaque structurelle. Sa fréquence est estimée à 1/2500-7000.

SCN5A KCNH2 KCNQ1 KCNE2 KCNE1

Panel de mutations des troubles de glycosylation

Le trouble de glycosylation est une affection héréditaire affectant de nombreuses parties du corps. Les personnes touchées développent généralement des symptômes pendant la petite enfance.

ALG1 ALG2 ALG3 ALG6 ALG8 ALG9 ALG12 ALG13 B4GALT1 COG1 COG4 COG5 COG6 COG7 COG8 DOLK DPAGT1 DPM1 DPM3 MGAT2 MOGS MPDU1 MPI PMM2 RFT1 SLC35A1 SLC35C1

Panel de mutations de perte auditive héréditaire

La fréquence de la perte auditive est de 1 pour 1 000 naissances vivantes. Environ la moitié est due à des causes génétiques et l'autre moitié à des causes environnementales.

COL11A1 COL11A2 COL2A1 COL4A3 COL4A4 COL4A5 COL9A1 COL9A2 DFNA5 MYO15A MYO1A MYO3A MYO6 MYO7A DFNB31 DFNB59 GJB2 GJB3 GJB6 KCNQ1 KCNQ4 MYH14 MYH9 SERPINB6 SLC17A8 SLC26A4 SLC26A5 SLC4A11

Panel de mutations des syndromes fébriles périodiques

La majorité des 30 mutations connues se trouvent dans l'exon 10. Les différences phénotypiques sont liées aux mutations. La mutation M694V est associée à un phénotype plus sévère et à un risque élevé d'amyloïdose.

MEFV TNFRSF1A NLRP3 MVK NOD2 IL1RN IL10RA IL10RB IL10 PSTPIP1 LPIN2 PLCG2

Panel de mutations Bardet-Biedl

Le syndrome de Bardet-Biedl (BBS) est une maladie génétiquement hétérogène caractérisée par l'obésité, la dystrophie rétinienne, la polydactylie, les malformations rénales, le retard mental et l'hypogonadisme.

CCDC28B BBS1 BBS2 BBS10 ARL6 MKKS BBS9 MKS1

Panel de mutations de dystrophie musculaire des ceintures

La dystrophie musculaire des ceintures est une maladie autosomique dominante. La maladie se développe après des mutations dans les gènes MYOT, LMNA, CAV3 et DNAJB6.

CAPN3 SGCB SGCA FKRP POMGNT1 DNAJB6 DYSF POMT1 FKTN

Panel de mutations d'ataxie spinocérébelleuse

L'ataxie spinocérébelleuse (SCA) est une maladie causée par la perte ou le dysfonctionnement des cellules d'équilibre dans le cervelet et la moelle épinière.

ATXN7 ATXN1 ATXN10 CACNA1A ATXN3 PPP2R2B ATXN2 TBP STUB1 ELOVL4 SETX KCND3 SPTBN2

Panel de mutations du syndrome d'Alport

Le syndrome d'Alport est hérité de manière autosomique récessive, autosomique dominante ou récessive liée à l'X. Chez 80 % des patients, des mutations COL4A5 liées à l'X sont observées.

COL4A5 COL4A4 COL4A3

Panel de mutations du syndrome de Kallmann

Le syndrome de Kallmann est l'une des causes les plus importantes d'infertilité masculine. Il s'accompagne d'hypogonadisme hypogonadotrope et d'anosmie.

KAL1 KAL2 XLR RROKR2 PROK2 STS GNRH1

Panel d'insuffisance ovarienne prématurée

L'insuffisance ovarienne prématurée (IOP) est caractérisée par une aménorrhée avant l'âge de 40 ans, des taux élevés de gonadotrophines et une diminution des œstrogènes. La prévalence est d'environ 1 % des femmes de moins de 40 ans.

FSHR FIGLA INHA GDF9 NOBOX NR5A1 PDPK1 BMP15 POF1B

Infertilité féminine

La cause génétique la plus fréquente : des anomalies chromosomiques et des mutations du gène FMR1 sur le chromosome X responsables du syndrome de l'X fragile.

FSHB FSHR LHBB LHCGR

Infertilité masculine

Les principales causes d'infertilité masculine : anomalies chromosomiques majeures, microdélétions du chromosome Y, mucoviscidose, troubles hormonaux et certains syndromes génétiques rares.

AZFa: sY86, sY625, M259 / AZFb: sY131, sY127, sY134 / AZFc: sY255, sY157, sY254 — contrôle: ZFY/ZFX, sY14 (SRY), sY81, sY90

CATSPER1 CFTR LHCGR

Panel de mutations MODY — 1

GCK HNF1A HNF1B HNF4A

Panel de mutations MODY — 2

ABCC8 BLK FOXP3 G6PC2 GCK GLIS3 HNF1A HNF1B HNF4A INS PDX1 INSR KCNJ11 KLF11 NEUROD1 NEUROG3 NKX2-2 PAX4 RFX6 ZFP57 HADH GLUD1 SLC16A1

Analyse de séquence complète du gène CFTR

Chez les patients atteints de mucoviscidose, l'AMPc ne peut pas être sécrété par les cellules épithéliales. En conséquence, la sueur contient trop de sel, des maladies pulmonaires chroniques et une insuffisance pancréatique se développent. 97-98 % des hommes atteints de mucoviscidose ont une azoospermie due à l'absence bilatérale congénitale du canal déférent (CBAVD).

CFTR

Analyse de séquence MEFV

Fièvre méditerranéenne familiale (FMF) : une maladie héréditaire (autosomique récessive) avec des crises récurrentes de fièvre, douleurs abdominales (péritonite), douleurs thoraciques (pleurésie) et douleurs articulaires (arthrite).

Les mutations causales se trouvent généralement dans les exons 2 et 10 du gène.

MEFV

Analyse de séquence connexine

Les personnes porteuses de la mutation c.35delG dans le gène GJB2 présentent une perte auditive intra-familiale et inter-familiale. La perte auditive avec une incidence de 1-2 pour 1 000 nouveau-nés est le trouble sensoriel le plus fréquent.

GJB2

Analyse de fragment X fragile

Le syndrome de l'X fragile est la cause héréditaire la plus fréquente de déficience intellectuelle et de difficultés d'apprentissage. Il est causé par une expansion de répétitions CGG dans le gène FMR1 sur le chromosome X.

FMR1

Panel de mutations d'ADN mitochondrial

MtDNA (whole gene)

Notre service de Séquençage de l'Exome Complet (WES)

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Analyse du séquençage de l'exome complet (WES)

Qu'est-ce que le test d'analyse du séquençage de l'exome complet (Whole Exome Sequencing — WES) ?

L'ADN contient environ 20 000 gènes. Les séquences codantes de protéines de chaque gène sont appelées exons ; la totalité des exons sur l'ADN est appelée exome. Environ 85 % des maladies génétiques humaines sont causées par divers types de modifications dans les régions exoniques. La séquenciation de ces régions, qui ne représentent qu'environ 1 % de l'ADN, revêt donc une grande importance diagnostique.

À qui l'analyse WES doit-elle être pratiquée ?

  • Cas complexes où aucun diagnostic différentiel n'est possible
  • Cas où les tests de première intention n'ont pas donné de résultats normaux
  • Diagnostic de troubles génétiquement et phénotypiquement hétérogènes
  • Familles ayant un enfant malade planifiant une nouvelle grossesse

Quels sont les avantages du test WES ?

Les taux de diagnostic varient de 30 à 80 % selon le groupe. Le test WES apporte une contribution diagnostique significative pour ces maladies.

Avec l'identification de la cause de la maladie, les possibilités de traitement doivent être réévaluées. De plus, lors de futures grossesses de la famille, les probabilités de récidive sont clarifiées.