Редкие заболевания

Панели мутаций редких заболеваний и полное экзомное секвенирование (WES)

Редкие заболевания, как они определены в Европе и других развитых странах, — это заболевания, встречающиеся с частотой 1 на 2000 или реже, в основном прогрессирующие, метаболические и хронические, некоторые из которых могут быть смертельными.

  • В литературе определено около 8000 редких заболеваний, и 80% из них передаются генетически.
  • Примерно 50% пациентов — дети.
  • 30% детей с редким заболеванием не доживают до 5 лет. Самая главная причина этого в том, что 95% редких заболеваний не имеют лечения.
  • Если редкие заболевания встречаются у 1 из каждых 16 человек в Турции; то 5 миллионов человек в Турции и примерно 350 миллионов человек во всем мире имеют редкое заболевание.
  • Каждое заболевание имеет свои особенности. В связи с этой особенностью существует потребность в специальных методах ухода и лечения, лекарствах, расходных материалах, специальных продуктах питания и медицинских изделиях.
  • Хотя эти заболевания редки, их последствия очень тяжелы для пораженного человека, его семьи и общества. (nadirhastaliklaragi.org.tr)

Панель мутаций нейрофиброматоза

Нейрофиброматоз (НФ) — это набор генетических заболеваний, вызывающих рост опухолей вдоль различных нервов и дополнительно влияющих на развитие нетервных тканей, таких как кости и кожа. НФ вызывает рост опухолей в любом месте тела. Он также приводит к аномалиям развития.

Нейрофиброматоз 1 (НФ1), также известный как НФ фон Реклингхаузена или периферический НФ, встречается один раз на 4000 рождений. Он характеризуется пятнами «кофе с молоком» на коже и подкожными нейрофибромами. Может также происходить расширение и деформация костей и искривление позвоночника (сколиоз). Редко опухоли могут развиваться внутри головного мозга, в черепных нервах или в спинном мозге. Нейрофиброматоз 2 (НФ2), также известный как двусторонний акустический НФ (BAN), встречается реже — один раз на 40 000 рождений. НФ2 характеризуется множественными опухолями в черепных и спинальных нервах и другими поражениями головного и спинного мозга. Опухоли, поражающие оба слуховых нерва, являются его отличительным признаком. Потеря слуха, появляющаяся в подростковом возрасте до ранних двадцатых лет, обычно является первым симптомом.

NF1 NF2

Панель мутаций гена дистрофина

Мышечная дистрофия Дюшенна (DMD) — самое распространенное заболевание среди мышечных заболеваний. Поскольку оно возникает из-за делеций в гене дистрофина на Х-хромосоме, оно встречается у одного из 3500 новорожденных мужского пола. При этом заболевании отсутствует основной белок, необходимый для функции мышц.

В отсутствие этого белка мышцы постепенно ослабевают, и жировая ткань замещает мышечную ткань. Часто диагностируется в возрасте 2-5 лет. При DMD слабость, начинающаяся в мышцах вокруг бедер и плеч, постепенно прогрессирует; в результате ослабления мышц живота и спины дети ходят, выпятив живот вперед. По мере прогрессирования слабости в мышцах ног они часто падают, с трудом встают с земли и поднимаются по лестнице, теряют способность ходить в возрасте 9-11 лет в среднем, начиная использовать инвалидное кресло. После этой стадии мышцы рук также постепенно ослабевают, и ребенку трудно использовать руки.

DMD

Панель мутаций муковисцидоза

Муковисцидоз (МВ) исследуется методом полногенного секвенирования.

CFTR

Панель туберозного склероза

Это заболевание чаще всего вызывает пятна (гамартому / тип доброкачественной опухоли) во всех органах, особенно в коже, головном мозге и почках. Некоторые симптомы отсутствуют при рождении ребенка и появляются позже. Например, если в сердце оно проявляет симптомы сразу при рождении, то почечные симптомы имеют тенденцию появляться после пубертатного периода.

TSC1 TSC2

Панель мутаций лизосомных болезней накопления

Лизосомные заболевания — это группа наследственных заболеваний, поражающих десятки тысяч людей во всем мире. Большинство пациентов — преимущественно дети. Ребенок с лизосомным заболеванием рождается каждые полчаса. Как и при других наследственных заболеваниях, эти заболевания передаются от родителей к детям.

Хотя мукополисахаридозы возникают из-за нарушений в разных генах, все они имеют общую особенность, за исключением МПС типа II. Передача в генах происходит по аутосомно-рецессивному типу наследования. То есть, чтобы заболевание проявилось у ребенка, дефект, вызывающий заболевание, должен присутствовать в генах, идущих как от матери, так и от отца.

GALC NAGA MANBA SMPD1 GLB1 GBA2 GBA HEXB HEXA GNPTAB GUSB ARSA ARSB FUCA1 MAN2B1

Панель мутаций синдрома Нунан

Нейро-кардио-фацио-кутанные заболевания (RASopathies) — это группа заболеваний, затрагивающих нервную систему, сердечно-сосудистую систему и кожу, вызывающих дисморфические черты лица и демонстрирующих определенные комбинации общих и отличительных клинических признаков. Синдромы Нунан, LEOPARD, кардио-фацио-кутанный, Костелло и Легиуса, а также нейрофиброматоз 1 типа относятся к заболеваниям этой группы.

Синдром Нунан (НС) — генетически мульти системное заболевание, аутосомно-доминантное, с зарегистрированной распространенностью около 1/2500. НС клинически и генетически гетерогенен (имеет разные фенотипы). Примерно в 50% случаев есть семейный анамнез. Частота мутаций de novo высока. Мутации гена PTPN11 ответственны за 50% случаев, ген SOS1 — за 10-13%, а ген RAF1 — за 3-17%.

A2ML1 PTPN11 BRAF CBL HRAS KRAS NRAS MAP2K1 MAP2K2 RAF1 RIT1 SHOC2 SOS1 SPRED1

Панель мутаций гликогеновой болезни накопления

Тип 1 ГБН — клинически самый тяжелый тип. Тип 1-А является результатом дефицита глюкозо-6-фосфатазы (G6PC). Тип 3 (ген AGL) клинически похож на тип 1, но имеет более мягкое течение. Пациенты обращаются в младенчестве с гипогликемией, ацидозом, задержкой роста и гепатомегалией. При типах 6 и 9 обычно наблюдается изолированная гепатомегалия без явных клинических данных. Особенно при типе 1 у пациентов старше 10 лет могут развиваться гепатоцеллюлярные аденомы.

Ген GAA типа 2 расположен в локусе 17q25.2-q25.3. Ген GAA кодирует фермент, называемый кислой альфа-глюкозидазой. Мутации в этом гене вызывают болезнь Помпе.

PHKG2 PHKA2 GYS2 G6PC SLC37A4 AGL GBE1 PYGM GYS1 GAA PRKAG2 PYGL GYG1 PGM1 PHKA1 PHKB PGAM2 PFKM ENO3 ALDOA LAMP2

Панель мутаций гипертрофической кардиомиопатии

Гипертрофическая кардиомиопатия — семейное (аутосомно-доминантное) заболевание с широким спектром симптомов — от бессимптомного течения до потери сознания и обморочных приступов. Она проявляется такими симптомами, как одышка, сердцебиение, головокружение, неспособность подниматься по лестнице, боли в груди, боли в спине и ногах, шумы и затрудненное дыхание.

Если у некоторых пациентов первым признаком является нарушение ритма, иногда может существовать риск внезапной остановки сердца и смерти. Поскольку риск внезапной смерти выше в детском возрасте, ранняя диагностика гипертрофической кардиомиопатии гораздо важнее.

ACTA2 ACTC1 ACTN2 CALR3 CAV1 CAV3 PRKAG2 SLC2A11 SLC52A2 SLC6A2 SLC12A3 SLC19A2 SLC25A4 SLC22A5 SLC25A20 SLC2A10 TNNC1 TNNI3 TNNT2

Панель LQT

Синдром удлиненного интервала QT — редкое заболевание, характеризующееся нарушением реполяризации миокарда, не сопровождающимся структурной сердечной аномалией, при котором повышен риск синдрома внезапной детской смерти. Частота врожденного синдрома удлиненного QT оценивается в 1/2500-7000.

SCN5A KCNH2 KCNQ1 KCNE2 KCNE1

Панель мутаций нарушений гликозилирования

Нарушения гликозилирования — наследственные состояния, поражающие многие части тела. У лиц с нарушением гликозилирования обычно развиваются признаки и симптомы состояния в младенчестве. У них может быть трудноcть набирать вес и расти с ожидаемой скоростью (недостаточность развития). У пораженных младенцев часто слабый мышечный тонус (гипотония) и задержка развития.

У них могут быть судороги, проблемы с координацией и равновесием (атаксия) или эпизоды, подобные инсульту, с крайней нехваткой энергии (летаргия) и временной паралич. У них также могут развиться проблемы со свертыванием крови. У некоторых лиц могут быть глазные аномалии, включая глаза, которые не смотрят в одном направлении (косоглазие), и заболевание глаз, называемое пигментным ретинитом, вызывающее потерю зрения.

Женщины с нарушениями гликозилирования имеют гипергонадотропный гипогонадизм, влияющий на выработку гормонов, направляющих половое развитие. В результате большинство женщин с нарушениями гликозилирования не проходят период полового созревания.

ALG1 ALG2 ALG3 ALG6 ALG8 ALG9 ALG12 ALG13 B4GALT1 COG1 COG4 COG5 COG6 COG7 COG8 DOLK DPAGT1 DPM1 DPM3 MGAT2 MOGS MPDU1 MPI PMM2 RFT1 SLC35A1 SLC35C1

Панель мутаций наследственной потери слуха

В целом частота потери слуха определена как один случай на 1000 живорождений. Около половины этой цифры обусловлено генетическими причинами, а другая половина — экологическими. Аутосомно-рецессивное наследование составляет примерно 80% в несиндромной группе.

Аутосомно-доминантные и Х-сцепленные типы наследования обнаруживаются в 15-20% и 1-2% случаев соответственно. Место митохондриального наследования в несиндромной потере слуха варьирует от 1% до 20% в зависимости от этнических групп.

COL11A1 COL11A2 COL2A1 COL4A3 COL4A4 COL4A5 COL9A1 COL9A2 DFNA5 MYO15A MYO1A MYO3A MYO6 MYO7A DFNB31 DFNB59 GJB2 GJB3 GJB6 KCNQ1 KCNQ4 MYH14 MYH9 SERPINB6 SLC17A8 SLC26A4 SLC26A5 SLC4A11

Панель мутаций синдромов периодической лихорадки

Большинство из 30 известных на сегодняшний день мутаций расположены в экзоне 10. Фенотипические различия при заболевании связаны с мутациями, поэтому корреляция генотип-фенотип интенсивно изучается. Мутации кодонов 148, 680 и 694 важны. Мутации кодонов 680 и 694 ассоциированы с заболеванием.

Носители мутации M694V проявляют заболевание в более раннем возрасте и несут серьезный риск амилоидоза. У носителей мутации V726A риск амилоидоза ниже. Мутация E148Q ассоциирована с наиболее мягким фенотипом. Хотя мутации, вызывающие заболевание ССЛ, часто наблюдаются в экзонах 2 и 10 гена MEFV, недавнее полное экзонное секвенирование показало, что патогенные мутации могут наблюдаться во многих участках гена.

MEFV TNFRSF1A NLRP3 MVK NOD2 IL1RN IL10RA IL10RB IL10 PSTPIP1 LPIN2 PLCG2

Панель мутаций синдрома Барде-Бидля

Синдром Барде-Бидля (СББ) — генетически гетерогенное заболевание (наследуемое аутосомно-доминантно или рецессивно), характеризующееся ожирением, дистрофией сетчатки, полидактилией, почечными мальформациями, умственной отсталостью и гипогонадизмом. Мутации в гене BBS1 ассоциированы с синдромом Барде-Бидля 1 типа, мутации в гене BBS2 — со 2 типом, а мутации в гене BBS10 — с 10 типом.

CCDC28B BBS1 BBS2 BBS10 ARL6 MKKS BBS9 MKS1

Панель мутаций поясно-конечностной мышечной дистрофии

Поясно-конечностная мышечная дистрофия — заболевание, наследуемое по аутосомно-доминантному типу. Этот тип заболевания развивается после мутаций, возникающих в генах MYOT, LMNA, CAV3 и DNAJB6, кодирующих белки скелетных мышц. Поясно-конечностная мышечная дистрофия ассоциирована более чем с одним геном и имеет много типов.

CAPN3 SGCB SGCA FKRP POMGNT1 DNAJB6 DYSF POMT1 FKTN

Панель мутаций спиноцеребеллярной атаксии

Спиноцеребеллярная атаксия (SCA) — заболевание, при котором наблюдается нарушение равновесия в результате потери или неспособности правильно функционировать связанных с равновесием клеток в мозжечке и спинном мозге. Типичным признаком SCA является нарушение равновесия. SCA1, SCA2, SCA3, SCA6 и SCA7 — подтипы заболевания, выраженные числами. SCA, наследуемые по аутосомно-доминантному типу, возникают через увеличение числа CAG-три нуклеотидных повторов в соответствующих генах.

ATXN7 ATXN1 ATXN10 CACNA1A ATXN3 PPP2R2B ATXN2 TBP STUB1 ELOVL4 SETX KCND3 SPTBN2

Панель мутаций синдрома Альпорта

Синдром Альпорта — заболевание, наследуемое аутосомно-рецессивно, аутосомно-доминантно или Х-сцепленно рецессивно. Гены COL4A3, COL4A4 и COL4A5 ассоциированы с заболеванием. Х-сцепленные наследуемые мутации COL4A5 наблюдались у 80% пациентов.

COL4A5 COL4A4 COL4A3

Панель мутаций синдрома Кальмана

Синдром Кальмана — одна из важных причин мужского бесплодия. Он наблюдается вместе с гипогонадотропным гипогонадизмом и аносмией (неспособностью ощущать запахи). Потери и изменения в гене KAL1, расположенном в Xp22.3, вызывают заболевание. У пациентов с подозрением на болезнь Кальмана проводится FISH-анализ для выявления делеции Xp22.3.

KAL1 KAL2 XLR RROKR2 PROK2 STS GNRH1

Панель преждевременной недостаточности яичников

Преждевременная недостаточность яичников (ПНЯ) — состояние, характеризующееся аменореей, развивающейся вторично из-за нарушения функций яичников до 40 лет, повышенным уровнем гонадотропинов и, как следствие, сниженным уровнем эстрогена в крови, а также физиологическими и психологическими проблемами, которые вызывает эта ситуация.

Первичная недостаточность яичников — состояние, возникающее у женщин моложе 40 лет с 4-месячным процессом аменореи, значением фолликулостимулирующего гормона (ФСГ) в сыворотке выше 40 МЕ/л, измеренным с интервалом в один месяц, и снижением половых стероидов. У женщин менопауза наступает между 40 и 60 годами, в среднем в 51.

Хотя частота преждевременной недостаточности яичников варьирует между популяциями, она поражает примерно 1% женщин до 40 лет, примерно 0,1% женщин до 30 лет и 0,01% женщин до 20 лет. При спонтанных 46,XX случаях ПНЯ необходимо сообщить пациентам информацию о том, что ремиссии и беременности могут происходить в 5-10% случаев.

FSHR FIGLA INHA GDF9 NOBOX NR5A1 PDPK1 BMP15 POF1B

Женское бесплодие

Наиболее частой генетической причиной являются хромосомные аномалии и мутации в гене FMR1 на Х-хромосоме, ответственном за синдром ломкой Х-хромосомы. FSHB демонстрирует аутосомно-рецессивный тип наследования. Он проявляется такими признаками, как задержка костного возраста, бесплодие, низкий ФСГ и примордиальные фолликулы. Ген FSHR наследуется аутосомно-доминантно. Характеризуется болью в животе, тошнотой, увеличенными мультиовулярными яичниками и остеопорозом.

FSHB FSHR LHBB LHCGR

Мужское бесплодие

Основными причинами мужского бесплодия являются крупные хромосомные аномалии, микроделеции Y-хромосомы, муковисцидоз, гормональные нарушения и некоторые редкие генетические синдромы. Микроделеции Y-хромосомы расположены в регионе AZF последовательностей на Y-хромосоме.

AZFa: sY86, sY625, M259 / AZFb: sY131, sY127, sY134 / AZFc: sY255, sY157, sY254 — контроль: ZFY/ZFX, sY14 (SRY), sY81, sY90

CATSPER1 CFTR LHCGR

Панель мутаций MODY — 1

GCK HNF1A HNF1B HNF4A

Панель мутаций MODY — 2

ABCC8 BLK FOXP3 G6PC2 GCK GLIS3 HNF1A HNF1B HNF4A INS PDX1 INSR KCNJ11 KLF11 NEUROD1 NEUROG3 NKX2-2 PAX4 RFX6 ZFP57 HADH GLUD1 SLC16A1

Тест полногенного секвенирования CFTR

У пациентов с муковисцидозом циклический АМФ не может секретироваться из эпителиальных клеток. В результате этого состояния возникают избыток соли в поте, хронические заболевания легких и недостаточность поджелудочной железы. У 97-98% мужчин с муковисцидозом наблюдается азооспермия из-за двустороннего врожденного отсутствия семявыносящего протока (CBAVD).

Кроме того, указывается, что у пациенток могут возникать проблемы с фертильностью из-за ухудшения качества цервикальной слизи. Мекониевая кишечная непроходимость развивается у 10-20% новорожденных с муковисцидозом из-за накопления сгущенного мекония в дистальном отделе кишечника. Это моногенное заболевание, наследуемое аутосомно-рецессивно. В нашей лаборатории выполняется полногенное ДНК-секвенирование гена CFTR.

CFTR

Тест секвенирования MEFV

Семейная средиземноморская лихорадка: это генетически наследуемое (аутосомно-рецессивное) заболевание с повторяющимися приступами лихорадки, боли в животе (перитонит), боли в груди (плеврит), боли и припухлости суставов (артрит) и, реже, приступами сердечной оболочки (перикардит) и менингита (поражения оболочек головного мозга).

Мутации, вызывающие заболевание, часто расположены в экзонах 2 и 10 гена. Для диагностики рекомендуется анализировать в порядке частоты мутаций экзон 2 и экзон 10 (Шаг 1); затем ДНК-секвенирование экзонов 3 и 5 (Шаг 2); и если не обнаружено изменение, ассоциированное с заболеванием, полногенное ДНК-секвенирование (Шаг 3). В нашей лаборатории не переходят к Шагу 3 без изучения ДНК-секвенирования MEFV Шагов 1 и 2.

MEFV

Тест секвенирования коннексина

У лиц с мутацией c.35delG в гене GJB2 наблюдается потеря слуха внутри семейств и между ними. Потеря слуха, с частотой 1-2 на 1000 новорожденных, является наиболее распространенным сенсорным расстройством в обществах. Степень потери слуха может варьировать от очень легкой до очень выраженной, а также она может быть односторонней или двусторонней.

По причине возникновения потери слуха классифицируются как генетические и экологические. Сегодня известно, что мутации более чем в 70 генах приводят к потере слуха.

GJB2

Тест анализа фрагментов ломкой Х-хромосомы

Синдром ломкой Х-хромосомы — самая распространенная наследственная причина интеллектуальной инвалидности и трудностей обучения. Увеличение CGG-повторов в гене FMR1 на Х-хромосоме ответственно за синдром ломкой Х-хромосомы. Эпилепсия также сопровождает четверть людей с этим заболеванием.

FMR1

Панель мутаций митохондриальной ДНК

MtDNA (весь ген)

Услуга полного экзомного секвенирования (WES)

Подробную информацию об услуге полного экзомного секвенирования, процессе и подаче заявки смотрите на westesti.com.

Перейти на westesti.com

Полное экзомное секвенирование (WES)

Что такое тест полного экзомного секвенирования (WES)?

На ДНК около 20 тысяч генов. Кодирующие белок последовательности каждого гена называются экзонами, а совокупность всех экзонов на ДНК — экзомом. Примерно 85% генетических заболеваний человека являются результатом различных типов изменений в экзонных регионах. Поэтому секвенирование этих регионов, составляющих лишь около 1% ДНК, имеет серьезное диагностическое значение. Полученная последовательность сравнивается с эталонной экзомной последовательностью человека, и каждое возникающее изменение классифицируется по его потенциалу вызывать заболевание. Анализы выполняются в соответствии с клиническими данными пациента.

Кому следует пройти полное экзомное секвенирование?

  • Сложные случаи, при которых дифференциальный диагноз не может быть поставлен по клиническим данным
  • Случаи, при которых в анализе тестами первой линии (хромосомный анализ или array CGH) не обнаружен аномальный результат
  • Диагностика генетически и фенотипически гетерогенных групповых нарушений (если большое количество генов вызывает одно и то же заболевание или если одни и те же фенотипические признаки наблюдаются при многих заболеваниях)
  • Семьи, имеющие больного ребенка и планирующие новую беременность
  • Случаи с анамнезом повторных младенцев с множественными врожденными аномалиями и без достоверной клинической информации о них
  • Если нет клиники, совместимой с конкретным моногенным заболеванием, семьям рекомендуется секвенирование экзома.

Вы можете проконсультироваться в нашем центре и у нашего специалиста по медицинской генетике по поводу других показаний.

Каковы преимущества теста полного экзомного секвенирования?

Хотя показатели диагностики в каждой группе различаются, они составляют от 30% до 80%. Тест WES вносит серьезный диагностический вклад в эти заболевания, многие из которых являются редкими. Он также дает серьезное преимущество с точки зрения времени, секвенируя экзомы вместо секвенирования связанных с заболеванием генов по одному.

С определением этиологии заболевания варианты лечения требуют повторной оценки. Кроме того, при возможных будущих беременностях семьи вероятности повторения заболевания становятся ясными.

Важно, чтобы результаты WES выдавались с сопровождением генетического консультирования и, при необходимости, чтобы наличие выявленных вариантов у других членов семьи исследовалось. Результаты обязательно должны оцениваться вместе с клиническими данными пациента. В случаях, когда диагноз не может быть поставлен, рекомендуется исследовать полученные данные в свете текущей информации через 1 год или направить пациента на анализ всего генома.