Mody Mutasyon Analizi Paneli

MODY (Maturity Onset Diabetes Of Young) Tip I ve Tip II diyabetten farklı olarak nadir görülen bir diyabet formudur. Düşük prevalansa sahip otozomal dominant bir hastalıktır ve genetik heterojeniteye sahiptir. Etnik grup,beslenme,kilo vs. faktörlerden bağımsız olarak 25 yaş öncesinde ortaya çıkmaktadır. Şu ana kadar tanımlanmış tiplerinden sırasıyla, MODY tip2: GCK(glucokinase), MODYtip3: HNFİ A(hepatocyte nuclear factor-lalpha), MODY tipi: HNF4A (nuclear factor-4-alpha), MODY tip5: HNFİB (hepatoksit nükleer faktör 1 Beta) çalışılması önerilir.

Meni Dizi Analizi Testi

Multipl endokrin neoplazi (MEN) sendromlarına yol açan tümörler nöroendokrin APUD hücrelerinden kaynaklanır. FHepsi otozomal dominant geçiş gösterir. MEN sendrom dışı meduller tiroid kanseri (MTC) yanında 3 adet MEN sendromu bulunmaktadır. MEN 1 oldukça nadir bir hastalıktır. Prevalansı bin kişi başına 0.02 ve 0.2 arasındadır. MEN-1 paratiroid bezlerin hiperplazisi ya da adenomupankreas adacık ve hipofiz bezini tutma ile karakterizedir. MEN 1 ‘de tanımlanan diğer tümörler, vipoma, glukagonoma, somatostatioma ve PPoma dır. MEN-1 geni 11. kromozomun uzun kolundadır ve muhtemelen bir tümör supressor gendir.

Hboc (Kalıtsal Meme ve Över Kanser Paneli)

Ailesel meme kanseri saptanan olguların %50 sinde BRCA gen mutasyonlarından kaynaklanır. 30 yaşın altında meme kanseri gözlenen kadınların yaklaşık %33′ ü bu mutasyonlardan birisi için taşıyıcıdır. Över kanserleri ise kadınlarda kanser ölümlerinin 5. Sırasında yer alır. Bunların %5-l 0′ unda aile öyküsü mevcuttur ve sıklıkla BRCA1, BRCA2 mutasyonlarından kaynaklanır. Aileden bir mutasyon almış olan kadınlarda meme ve över kanseri gelişme riski genel popülasyona göre anlamlı derecede artmıştır. BRCA1 mutasyonun varlığında bu risk meme kanseri ve över kanseri için sırasıyla %85 ve % 45′ tir, BRCA2 mutasyonlarında BRCA1 mutasyonları ile benzer olarak artmış meme kanseri riski gözlenir ve över kanseri için bu risk %27′ dir.

BRCA geni mutasyonu negatif olan hastalarda PIBOC paneli önerilir.
ATM, BARDI, BRIP1, CDH1, CHEK2, NBN, PALB2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53

Hotspot Kanser Mutasyon Paneli

FHer tümörün kendine özgü belirgin farklılıkları olmasına rağmen moleküler bozukluklar çoğu zaman bilinen yolaklarda yer alırlar. Bilinmeyen somatik mutasyonlar tümör tiplerinin profilini oluşturmada nadiren görülürler. Örnek olarak belirli protein domainlerini kodlayan DNA segmentlerinde meydana gelen hotspot mutasyonlar verilebilir. Flotspot bölgeler genetik hastalıklarda oldukça önemlidir. Çünkü bu bölgeler sıcak noktalardır ve mutasyona uğrama oranları da diğer bölgelere nazaran çok yüksektir. Ve bu bölgelerde tekrarlayan mutasyonlar üzerine yapılan çalışmalar bizlere değerli bilgiler sunabilmektedir. Bunların, kanser tiplerine yönelik yeni ilaç tedavilerinin keşfine neden olabileceği düşünülmektedir.
ABL1, AKTI, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNAİ1, GNAS, GNAQ, HNFİ A, HRAS, IDH1, JAK2, JAK3, IDH2, KDR, KIT, KRAS, MET, MLHİ, MPL, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL

Ailesel Kanser Sendromları Mutasyon Paneli

Tümör süpressör genlerin (TSG) inaktivasyonu kanser predispozisyonuna ve ailesel kanser sendromlarının gözlenmesine neden olabilir. TSG’ deki mutasyonlar üreme hücreleri yoluyla sonraki nesillere aktarılırlar. Bu mutasyonlar başlangıçta germllne olarak sperm veya yumurta hücresinde meydana gelerek doğacak olan kişiye kalıtılır. Unutulmamalıdır ki; kalıtılan mutant TSG kanser predispoziyonu için ciddi bir risk artışına neden olurken, tüm ailesel kanserlerin temelinde kalıtılmış mutant bir TSG bulunmaz.
TSG her İki allele de mutasyon oluşması sonrasında inaktlf olarak hücre proliferasyonu üzerindeki süpressör etkilerini kaybederler. Daha nadir olmakla birlikte, anne ve babadan normal olarak kalıtılan TSG’ de yaşam içerisinde aynı hücrede olmak kaydıyla İki mutasyon gözlenebilir. Ancak, mutasyonlardan birisini kalıtsal olarak ailesinden alarak tüm hücrelerinde taşıyan bir kişide etkilenen hücre sayısının fazlalığı nedeniyle ikinci bir mutasyonun oluşması ve buna bağlı olarak kanser gelişimi çok daha olasıdır.
NBN, BARDI, CDH1, MRE1İA, ATM, PTEN, STK11, RAD51C, PALB2, BRIP1, MSH6, RAD51, CHEK2, TP53

Primer İmmün Yetmezlik Paneli

Bağışıklık sistemimizi oluşturan elemanlardan herhangi birinin yokluğu ya da fonksiyon bozukluğu immün yetmezlik hastalıkları olarak adlandırılır. Bu hastalıklar kalıtsal ya da genetik nedenlere bağlı geliştiğinde primer immün yetmezlik (bağışıklık sistemi yetmezliği) olarak adlandırılır. Şimdiye kadar oldukça fazla sayıda primer immün yetmezlik tipleri tanımlanmıştır.
ISG15, TNFRSF4, PIK3CD, MASP2, C1QA, C1QC, C1QB, FCN3, LCK, AK2, CTPS1, ARTN, C8A, C8B, İLİ 2RB2, BCL10, GFI1, NRAS, VPS45, RFX5, HAX1, ADAR, LAMTOR2, FCGR3B, CD247, FASLG, NCF2, CFH, CFHR3, CFHR1, PTPRC, İLİ 0, CR2, CD46, LYST, NLRP3, ADAMI 7, NLRC4, TTC7A, EPCAM, MSH6, CD8A, IGKC, ZAP70, İLİ RN, CXCR4, IFIH1, WIPF1, STAT1, STAT4, CASP10, CASP8, CTLA4, ICOS, SMARCAL1, SLC11 Al, NHEJİ, SPİ10, MLPH, TRNT1, JAGNİ, İLİ 7RC, TGFBR2, MYD88, RPSA, TREX1, PRKCD, GATA2, TERC, RNFİ68, RHOH, CFI, IL21, LRBA, TLR3, TERT, IL7R, C9,C7,C6, PIK3R1, AP3B1, XRCC4, TTC37, ITK, İLİ 2B, DOCK2, Fİ 2, NHP2, C2, CFB, SKIV2L, C4B, C4A, TAP2, PSMB8, TAPI, TAPBR İLİ 7, PGM3, ZBTB24, TRAF3IP2, IFNGR1, STX11, CARDI 1, ACTB, PMS2, IL6, IKZF1, SBDS, NCF1, PRKDC, MCM4, NBN, VPS13B, DOCK8, RMRR C5, LRRC8A, CARD9, IL2RA, DCLREİC, MBL2, PRF1, FAS, BLNK, NF 2, CD81, STIM1, CD59, RAG1, RAG2, SERPING1, MS4A1, FERMT3, RNASEH2C, UNC93B1, FADD, CTSC, MRE11 A, ATM, İLİ ORA, CD3E, CD3D, CD3G, SLC37A4, TNFRSF1 A, CD27, PTPN6, CIS, CIR, AICDA, CLEC7A, IRAK4, STAT2, TBK1, IFNG, UNG, MVK, ORAI1, POLE, RFXAR RNASEH2B, TPP2, LIG4, PNR TRAC, CEBPE, RNF31, TINF2, NF İA, IGHG2, IGHM, NOP10, INO80, BLOC1S6, SPPL2A, MY05A, RAB27A, PSTPIP1, CIB1, BLM, MEFV, CIITA, IL21R, CD19, COROİA, NOD2, USBİ, RLTPR, PLCG2, IRF8, CYBA, TNFSF12, WRAP53, TNFRSF13B, FOXN1, UNC119, STAT5B, STAT3, G6PC3, CD79B, UNC13D, TMC6, TMC8, LPIN2, EPG5, MALTI, CCBE1, ELANE, CFD, TCF3, AP3D1, C3, STXBP2, TYK2, ACP5, RNASEH2A, JAK3, İLİ 2RB1, RFXANK, GPI, CD79A, LİGİ, IRF3, FPRİ, NLRP12, RBCK1, DNMT3B, ITCH, SAMHD1, ADA, STK4, CD40, RTELİ, IL10RB, IFNGR2, AIRE, ITGB2, İLİ 7RA, CECRİ, TBX1, IGLL1, APOLİ, NCF4, RAC2, MKL1, TNFRSF13C, CSF2RA, PIGA, CYBB, CFR WAS, FOXP3, IL2RG, MAGT1, BTK, XIAR SH2D1A, CD40LG, TAZ, I KG, DKC1

Ateşli Hastalıklar Paneli

Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA-FMF) nedir?
Tekrarlayan ateş ve sinovyum, periton veya plevra Inflamasyon atakları ve bu ataklara eşlik eden ağrı ile karakterize otozomal resesif kalıtılan bir hastalıktır. Ateş ve karın ağrısının eşlik ettiği ve kendiliğinden iyileşmenin görüldüğü ataklar tipiktir. Amiloidozise bağlı olan renal yetmezlik hastalığın en ciddi komplikasyonudur. Hastalık özellikle Türk, Ermeni, Arap, Askenazi dışı Yahudi toplumlarında gözlenmektedir. Bu topluluklarda hasta sıklığı 1/200, taşıyıcılık ise 1/5’tir. Batın hastalıkları ile karışabildiği için hastalığın genetik tanısının konması hastanın gereksiz cerrahi operasyonlara maruz kalmasını engelleyecektir.
MDFIC, TNFAIP3, TMEM173, PSMA3, PSMB4, PSMB9, IL36RN, NLRP3, MVK, NOD2, PSTPIP1, TNFRSF1 A, CARDI 4, LPIN2, NLRP12, İLİ ORA, CECRİ, IL10RB, İLİ RN, PSMB8, ELANE, MEFV

Kalıtsal Kolon Kanseri Paneli

Kolon kanserleri, dünyada en sık görülen kanser türlerinden biridir. Sağlık Bakanlığının İstatistiklerine göre ülkemizde de en sık görülen ilk 5 kanser türü arasında kolon (kalın bağırsak) kanseri yer almaktadır. Kolon kanserinin her yaşta görülme riski olsa da en sık 50 yaşından sonra gözlenmektedir. Cinsiyete göre dağılımı incelendiğinde ise tüm kanserler arasında kolon kanseri kadınlarda İkinci, erkeklerde üçüncü sırada yer almaktadır.
Ailesinde daha önce kolorektal kanser görülen kişinin kanser riski fazladır. Kalıtsal genetik faktörler, risk oranını arttırır. Hem kalın bağırsakta bulunan ailevi adenomatöz polipleri, hem de Lynch sendromu olarak da bilinen herediter (aileden çocuklara geçen, ailesel) polip dışı kolorektal kanseri, kolon kanseri riskini arttırır. Genetik kolorektal kanserler hastalığın sadece %5-10’u oluşturmasına rağmen, bu genetik faktörleri taşıyan insanların hastalanma yaşı diğer kolon kanseri hastalardan daha gençtir ve daha fazla yaşamsal risk taşımaktadır.
MLHİ, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, TGFBR2, MLH3, APC, MUTYH, MSH3, NTHL1

Solid Tumor Panel

Kanser örneklerinde doğru ve hassas yöntemlerle gelişmiş genomlk analiz imkanı sağlamak amaçlı solid tümörler ve hematolojik onkoloji İçin çözümler de bulunmaktadır. FFPE, taze doku ve kan örneklerinden elde edilen düşük nükleik asit materyallerinden basit ve kompleks genetik mutasyonlarını Yeni Nesil Dizileme (NGS) yöntemi ile doğru bir şekilde tespit etmek amacı ile tasarlanan paneller, farklı tümör türlerinde DNA, RNA ve ctDNA dizllenmesine olanak sağlar. DNA tabanlı paneller SNV, Indel ve CNV varyant türelerini hedeflemekte, RNA tabanlı paneller İse füzyon (translokasyon) ve ekspresyon tespiti yapmaktadır.
Erişkin Kanserlerde Moleküler Profilleme Testi
*Erişkin kanserlerinde moleküler profilleme testi, tek nokta mutasyonların (SNV), kopya sayısı değişikliklerinin (CNV), gen füzyonlarının ve in-dellerin 161 genden tespit edilmesini sağlayan, hedeflenmiş yeni nesil bir sekanslama (NGS) testidir.
*Bazı genleri Hot-Spot olarak, bazı genleri tüm ekzom dizileyerek, bazı genlerin de kopya sayısı değişikleklerine bakarak çok spesifik bir mutasyon profilleme yapar.
*Bu test, formalinle sabitlenmiş parafine gömülü (FFPE) örneklerden sadece 10 ng DNA veya RNA eldesi ile çalışılabilir. Bu da düşük miktardaki FFPE örneklerin bile analiz edilmesini sağlar.
*Kişiye özgü kanser tanı tedavisinin planlanması için benzersiz yöntem sunar.
*Erişkin Kanserlerde Moleküler Profilleme Testi; AmpliSeq teknolojisi kullanılarak kantitatif analiz yöntemleriyle tespit edilen mutasyonların Ion Reporter,M Software ile analiz edilip KİŞİYE ÖZGÜ RAPOR olarak hazırlanması sonucu oluşturulmaktadır.
*Rapor içeriği; Mutasyon- Tedavi ilişkisi, ilaç çalışmaları, klinik çalışmalar ve ilgili literatürleri içermektedir.
Tümör Mutasyon Yükü (Tmb) Analizi
*immüno-onkoloji araştırmalarında; İmmünoterapi, artık onkoloji terapötik stratejilerinin temel bir bileşeni olarak kabul edilmektedir.
*Kanseri tanımak, kontrol etmek veya potansiyel olarak ortadan kaldırmak için vücudun kendi bağışıklık sisteminin kullanılması amaçlanmaktadır.
*immünoterapi; klinik bir tedaviyi etkileme veya kanseri ölümcül bir hastalıktan hayatı tehdit etmeyen bir hastalığa veya kronik bir hastalığa dönüştürebilme potansiyeline sahiptir,
*Bir tümör genomundaki mutasyon sayısının bir ölçüsü olan tümör mutasyon yükü (TMB), tüm ekzom dizilemesi (WES) tarafından değerlendirilen bir biyobelirteçtir. Yapılan son çalışmalarda WES ile yüksek uyum göstermektedir.
*Tümör Mutasyon Yükü; biyobelirteçleri ölçer ve TMB ile çeşitli kanserlerde gelecekteki terapötik yanıt arasındaki ilişkinin durumunu açıklamaktadır.